„Faust” rozpoczyna się dedykacją do przyjaciół Goethego, oraz inwokacją do zjaw, duchów i mar, do całej Przeszłości. Właściwa treść dramatu poprzedzona jest jeszcze dwoma prologami – Prologiem na scenie i Prologiem w niebie. W pierwszym z nich odbywa się rozmowa Dyrektora, Poety i Wesołka o roli artysty i istocie sztuki. Bohaterami Prologu w niebie są Bóg, Archaniołowie (Rafael, Gabriel i Michał), Zastępy Niebieskie i Mefistofeles. Rozmawiają oni o świecie, a przede wszystkim o kondycji człowieka. Wówczas to ma miejsce zakład między Bogiem a Mefistofelesem o duszę Fausta i jest to w istocie zakład o fundamentalną wartość duszy, istnienia człowieczeństwa, dobro i zło.
Część pierwsza dramatu Goethego rozpoczyna się w pracowni Fausta w noc Wielkiej Soboty monologiem uczonego o własnej wielkiej wiedzy, która nie zapewniła mu ani szczęścia, ani tak zwanej „życiowej mądrości”. Faust postanawia więc w czarnej magii poszukać odpowiedzi na dręczące go egzystencjalne pytania o sens życia, dobro i zło. Wywołuje Ducha Ziemi (utożsamianego z Bogiem), który potępia jego zuchwałość i znika. Później uczony niechętnie rozmawia ze swoim asystentem, młodym zapalonym naukowcem Wagnerem, a po jego wyjściu – zastanawia się nad odebraniem sobie życia. Jednak pora dnia i jego symbolika (Zmartwychwstanie Pańskie) sprawiają, że jednak rezygnuje z tego pomysłu.
W Niedzielę Wielkanocną Faust udaje się z Wagnerem na spacer ulicami miasta. Rozmawiają o otaczających ich ludziach i dostrzegają czarnego pudla, którego Faust zabiera do swojej pracowni. Tam pies przeobraża się w Mefistofelesa. Faust podpisuje cyrograf – Mefistofeles da mu wszystko, czego zażąda. Jednak kiedy nastąpi moment spełnienia i Faust osiągnie prawdziwe szczęście, kiedy wypowie słowa „chwilo, trwaj!” – od tego momentu jego dusza będzie należała do Mefistofelesa.
Mefistofeles zaczyna ukazywać Faustowi uroki życia i spełniać jego życzenia. Najpierw prowadzi go na zabawę w piwnicy Auerbacha, jednak uczonemu nie przypadają do gustu pijackie harce. Udają się zatem do chaty czarownicy, gdzie Faust zostaje odmłodzony. Młody, żądny rozrywki i rozkoszy Faust postanawia zdobyć czternastoletnią, cnotliwą i naiwną Małgorzatę. Nie jest to zadanie łatwe, więc z pomocą przychodzi Mefistofeles. Daje on dziewczynie prezenty, pomaga Faustowi ją zbałamucić. Ostatecznie Faustowi udaje się uwieść Małgorzatę, jednak w wyniku tego romansu umiera matka dziewczyny (otruta przez nią miksturą od Fausta, która miała być tylko środkiem nasennym), oraz jej brat (dźgnięty nożem przez Fausta). Ponadto Małgorzata zabija dziecko, poczęte w wyniku grzechu z Faustem. Zostaje aresztowana, dręczą ją wyrzuty sumienia, popada w obłęd z poczucia winy, jednak – chociaż Faust stara się wyciągnąć ją z więzienia – z pokorą i skruchą przyjmuje zasłużoną karę. Dzięki tej pokorze i miłości zostaje zbawiona.
Śmierć Małgorzaty jest dla Fausta ogromnym ciosem. Uczony zaczyna rozumieć, że zaspokajanie tylko swoich pragnień nie prowadzi do osiągnięcia prawdziwego szczęścia. W drugiej części dramatu, rozpoczynającej się właśnie po śmierci Małgorzaty, Faust dochodzi do wniosku, że egoizm i pakt z diabłem nie pomogą mu osiągnąć celu, do którego dąży. Postanawia wykorzystać swą wiedzę do pomocy innym. Odbywa wędrówkę w czasie i przestrzeni. Rozpoczyna ją na dworze cesarza, gdzie razem z Mefistofelesem służą władcy. Następnie przenoszą się w czasy antycznych mitów, gdzie Mefistofeles wydobywa z krainy umarłych Helenę Trojańską – najpiękniejszą kobietę na świecie. Faust poślubia Helenę i zaznaje prawdziwej miłości. Żyją szczęśliwie przez wiele lat, mają syna Euforiona. Jednak Helena, którą trzymała przy życiu tylko miłość Fausta do niej i jej miłość do syna, po śmierci Euforiona także umiera.
Wówczas osamotniony Faust podejmuje ostateczną decyzję o podjęciu działalności na rzecz innych ludzi. Wraca do swoich czasów, gdzie bierze udział w bitwie u boku cesarza. Za pomoc dostaje we władanie nadmorski kraj. Z pomocą Mefistofelesa stwarza w nim idealną krainę dla nowego społeczeństwa. Rządzi tam do późnej starości, starając się nie krzywdzić innych. Jedynymi ludźmi, którzy zginęli w wyniku jego decyzji, była para staruszków.
Tuż przed śmiercią Faust jest u szczytu chwały. Działalność na rzecz innych przynosi mu prawdziwe szczęście. Nic nie może zachwiać jego altruistycznej radości – to jest to, na co czekał przez całe życie. W końcu wypowiada zawarte w cyrografie słowa „Trwaj, chwilo, jesteś piękna”. I chociaż w myśl kontraktu z Mefistofelesem wypowiedzenie tych słów miało spowodować zabranie duszy Fausta na wieczne potępienie, wstawiennictwo Matki Bożej i Małgorzaty sprawia, że chór aniołów wyrywa piekłu duszę Fausta. Tym samym uczony zostaje ostatecznie nagrodzony za swą pracę dla ludzi oraz za wieczne dążenie i wieczny trud.